La laguna, la più estesa della Sicilia (2000 ha) è, fin dal 1984, una Riserva Naturale che si estende, nel mare, nel tratto compreso tra Punta Alga e Capo S. Teodoro. Caratterizzata da acque basse molto salate comprende quattro isole: l’isola Lunga, Santa Maria, San Pantaleo e Schola.
Tra le specie floreali più importanti troviamo il pino d’Aleppo, la palma nana, la canna di bambù, la Calendula marittima, che in Europa cresce solo qui e in Spagna, la salicornia (dal fusto carnoso), la Scilla Marittima, dai fiori bianchi stellati, il giglio marino ed i giunchi. Le isole sono anche popolate da molte specie di uccelli tra cui allodole, cardellini, gazze. fratini ecalandre.

Le acque dello Stagnone, molto pescose, sono popolate da una fauna molto ricca tra cui anemoni, fiocchi di mare, murici, da cui i Fenici ricavavano la porpora utilizzata per tingere i tessuti, e una quarantina di specie ittiche differenti tra cui spigole,orate, saraghi e sogliole, Il fondale è invece caratterizzato dalla presenza della posidonia oceanica, pianta marina formata da un ciuffo di lunghe foglie verdi con al centro fiori riuniti in spighe.

Gli Isolotti

L’Isola Lunga (o isola Grande) è la più grande dello Stagnone. La sua formazione ha dato origine alla laguna. Era formata da due isolotti rocciosi, che si unirono formando la lunga isola, probabilmente per l’allargamento dei depositi di sale molto sfruttati dai Fenici. Ospita una delle poche popolazioni esistenti di Calendula maritima.

Schola è la più piccola delle isole dello Stagnone. Durante il periodo romano vi era una scuola di retorica, dalla quale deriva il toponimo. Attualmente vi si trovano tre edifici degli anni ’30 ed una cisterna. Santa Maria è un’isola a nord dello Stagnone a forma di laccio. Il nome deriva dal santuario di Santa Maria Valleverde. Mozia (oggi S. Pantaleo) è la più importante delle isole dello Stagnone dal punto di vista paesaggistico e archeologico. Antica colonia fenicia, ha una forma circolare.